ANOTASI GENOM MELALUI ANALISIS TRANSKRIPTOMIK DAN IDENTIFIKASI GEN AKTIN, UBIQUITIN, DAN GAPDH PADA Canavalia ensiformis UNTUK MENDUKUNG KETAHANAN PANGAN

Canavalia ensiformis merupakan salah satu tanaman sumber protein nabati potensial yang belum banyak dikembangkan di Indonesia. Upaya pengembangan varietas C. ensiformis sebagai komoditas unggul masih belum optimal karena minimnya informasi genomik yang tersedia. Penelitian ini bertujuan untuk menganotasi genom C. ensiformis melalui analisis transkriptomik berbasis sekuensing RNA dan mengidentifikasi kandidat gen aktin, ubiquitin, dan GAPDH yang umum digunakan untuk analisis ekspresi gen menggunakan real-time PCR.
Sekuensing RNA dari sampel daun dilakukan menggunakan platform Illumina. Perakitan transkriptom dilakukan menggunakan beberapa pendekatan, dan hasil terbaik diperoleh dari metode TransABySS, dengan tingkat kelengkapan BUSCO
sebesar 61,7%. Hasil translasi in silico menghasilkan 26.861 sekuens protein dan berhasil dianotasi berdasarkan database Pfam dan BLASTP. Evaluasi kelengkapan protein menunjukkan 57% protein lengkap berdasarkan hasil BUSCO. Selanjutnya, identifikasi gen aktin, ubiquitin, dan GAPDH berdasarkan
homologi sekuen protein menggunakan HMMER menemukan masing-masing 28, 49, dan 12 kandidat protein untuk ketiga famili gen tersebut. Validasi keberadaan domain protein target menggunakan SMART menunjukkan bahwa seluruh kandidat memiliki domain konservatif yang utuh dan seragam. Dari hasil analisis filogenik, ditemukan beberapa protein C. ensiformis yang berhomolog dengan spesies model (Arabidopsis thaliana), yakni kelompok ACT4/ACT12/ACT1/ACT3/ACT11/ACT7, kelompok UBQ2, dan kelompok UBQ7. Hasil penelitian ini diharapkan dapat menjadi dasar bagi analisis ekspresi gen lebih lanjut dan mendukung studi genomika fungsional serta pengembangan varietas C. ensiformis sebagai sumber pangan alternatif di Indonesia.