ANALISIS KEKUATAN DAN STABILITAS IKATAN ANTARA SENYAWA KIMIA TANAMAN PHYLANTHUS NIRURI ASAL PAPUA DENGAN KANDIDAT PROTEIN-PROTEIN TARGET PARASIT PLASMODIUM FALCIPARUM DENGAN METODE MOLECULAR DOCKING DAN MOLECULAR DYNAMICS PADA STUDI IN SILICO

Penelitian sebelumnya (Umaranissa, 2024) telah mengidentifikasi senyawa-senyawa kimia dari ekstrak bahan alam meniran hijau (Phyllanthus niruri) yang tumbuh di Papua menggunakan teknik LC-MS QTOF. Salah satu senyawa yang dipilih adalah β,β-dimethylacrylshikonin, yang berdasarkan literatur diketahui memiliki sifat antimalaria. Senyawa ini
kemudian dianalisis lebih lanjut menggunakan molecular docking dan molecular dynamics terhadap sepuluh protein Plasmodium falciparum terpilih. Penelitian ini menggunakan metode deskriptif observasional, molecular docking dilakukan terhadap semua senyawa kimia yang telah diperoleh struktur kimianya (6 senyawa) dengan 100-200 protein P. falciparum yang strukturnya tersedia di Protein Data Bank. Setelah itu,
dilakukan analisis molecular dynamics untuk menilai stabilitas interaksi antara senyawa dan protein target. Berdasarkan teknik molecular docking, senyawa Bergemottin menunjukkan ikatan afinitas paling kuat (-11,1kcal/mol) dengan protein Hypoxanthine-guanine-xanthine phosphoribosyltransferase. Selain itu, Bergemottin juga memiliki delta afinitas positif tertinggi (kenaikan 3.3 kcal/mol) terhadap protein M1 family aminopeptidase, dengan ikatan yang stabil berdasarkan analisis molecular dynamics. Senyawa lain yang menunjukkan ikatan afinitas tinggi adalah
β,β-dimethylacrylshikonin dan olomoucine. Studi ini menunjukkan bahwa molecular docking dan molecular dynamics dengan target senyawa kimia dan protein yang lebih luas berpotensi menemukan target protein antimalaria yang lebih baik.