DESAIN PRIMER SECARA IN SILICO UNTUK IDENTIFIKASI PARASIT PENYEBAB MALARIA Plasmodium sp. DENGAN ISOTHERMAL PCR DAN PCR KONVENSIONAL DALAM RANGKA MENDUKUNG KESEHATAN PERTAHANAN TAHUN 2023

Teknik diagnosis malaria terus berkembang dari pemeriksaan mikroskopis hingga saat ini mencapai teknik diagnosis
molekular menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR). Penggunaan Isothermal PCR di lapangan membutuhkan primer yang mampu mengidentifikasi genus Plasmodium sp, sebagai metode penapisan awal kasus malaria dan penggunaan PCR Konvensional di laboratorium dan rumah sakit membutuhkan primer yang mampu mengidentifikasi spesies Plasmodium secara akurat sebagai bentuk optimalisasi terapi malaria. Metode: Peneliti menggunakan gen 18S rRNA sebagai gen target untuk membuat desain set primer LAMP dan gen COX-I sebagai gen target untuk membuat desain pasangan primer PCR Konvensional. Selanjutnya dilakukan analisis alignment , desain primer, dan uji spesifisitas primer secara in silico. Hasil dan Pembahasan: Desain primer LAMP menggunakan gen 18S rRNA sebagai target mendapatkan tiga desain set
primer yang berbeda, dan desain pasangan primer PCR Konvensional menggunakan COX-I mendapatkan dua pasangan primer dalam setiap rancangan panjang produk mulai dari 100bp,200bp,300bp,400bp dan 500bp. Kandidat desain primer PCR dianalisis spesifisitas secara in silico. Kesimpulan: Peneliti berhasil mendesain satu set primer LAMP dan dua pasang primer identifikasi P.falcifarum 110bp, dua pasang primer identifikasi P.malariae 220bp, sepasang primer identifikasi P.ovale 290bp 310bp, sepasang primer identifikasi P.vivax 390bp-410bp, dan sepasang primer identifikasi P.knowlesi 490bp-510bp.

Kata kunci: Primer, PCR, Gen ,Plasmodium